Câu chuyện của Evangelion bắt đầu sau năm 2000 với sự kiện "Va Chạm Thứ Hai", một biến cố lớn đã hoàn toàn phá hủy hoàn toàn Nam Cực và một nửa xóa sổ dân số Thế giới. Biến cố này được dư luận và ngay cả đa số thành viên thuộc tổ chức NERV cho là tác động của một thiên thạch rơi xuống Nam Cực, gây ra những cơn đại hồng thủy và làm thay đổi khí hậu Trái đất cùng với những cuộc khủng hoảng chính trị, chiến tranh hạt nhân và suy thoái kinh tế...

Vào năm 2015, sau khi nhận được thư của của cha, Ikari Shinji đã rời nhà cô chú mình lên đường đến Neo Tokyo-3. Tại đó, Shinji đã chứng kiến cuộc chiến vô vọng của quân đội Liên Hiệp Quốc chống lại một sinh vật khổng lồ bí ẩn đang tấn công thành phố...